Een charismatische priester (Philip Seymour Hoffman) probeert halverwege de jaren zestig de strikte regels te veranderen op een school in de Bronx. Non en schoolhoofd Aloysius Beauvier (Merel Streep) heeft niets met de losse manier van lesgeven van de priester. Wanneer een jonge non laat doorschemeren dat de priester wellicht teveel aandacht besteedt aan de jonge, zwarte student Donald, grijpt Beauvier haar kans om de priester zwart te maken.